Le Conseil de prud'hommes territorialement compétent est en principe celui où s'exécute le contrat de travail. Mais le salarié peut également décider de porter sa demande devant le Conseil du lieu où l'engagement a été contracté ou du lieu où l'employeur est établi.
Les affaires sont examinées dans la section correspondant au domaine de l'activité principale de l'employeur ou au statut dérogatoire du salarié (VRP, cadres). Les Conseils de prud’hommes sont ainsi composés de cinq sections : agriculture, industrie, commerce et services commerciaux, encadrement, activités diverses. Chaque section comporte un bureau de conciliation (un conseiller salarié et un conseiller employeur) et un bureau de jugement (deux conseillers salariés et deux conseillers employeurs). Après un débat oral et public, le bureau de jugement doit prendre une décision permettant de régler le conflit. Pour certaines situations urgentes, il existe une procédure de référé permettant d'obtenir rapidement une décision. Le Conseil des prud’hommes peut alors décider d’ordonner toutes les mesures qui ne se heurtent à aucune contestation sérieuse. Il peut aussi prescrire toutes mesures nécessaires pour prévenir un dommage ou faire cesser un trouble manifestement illicite.
En cas d’appel, l’affaire est rejugée devant la Chambre sociale de la Cour d'appel. Un pourvoi est également possible devant la Cour de Cassation contre les décisions rendues en appel.